Kurikulum SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta disusun  dengan tidak meninggalkan ciri khas sekolah Muhammadiyah seperti yang tercantum dalam Surat Keputusan Pimpinan Pusat Muhammadiyah Nomor 65/SK-PP/III-A/1.b/1997 tentang  Qa’idah Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah ( Bab I pasal 3) yang berbunyi  bahwa Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah bertujuan membentuk manusia muslim yang beriman, bertaqwa, berakhlak mulia, cakap, percaya pada diri sendiri, disiplin, bertanggung jawab, cinta tanah air, memajukan dan mengkembangkan ilmu pengetahuan dan ketrampilan, dan beramal menuju terwujudnya masyarakat utama, adil dan makmur yang diridhoi Allah Subhanahu wata’ala. Hal ini tentunya akan mendukung tercapainya kondisi ideal.

Karakteristik SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta yang merupakan sekolah dengan ciri khas kemuhammadiyahan dan Al Islam (ISMUBA). ISMUBA yang merupakan akronim dari Al-Islam, Kemuhammadiyahan, dan Bahasa Arab adalah mata pelajaran ciri khusus yang ada pada sekolah-sekolah Muhammadiyah. Mulai dari Pendidikan Al-Quran, Pendidikan Aqidah Akhlaq, Pendidikan Tarikh, Pendidikan Fiqih, Bahasa Arab dan Kemuhammadiyahan menjadi mata pelajaran ciri khas yang ada pada sekolah-sekolah dari jenjang tingat dasar hingga menengah bahkan tingkat perguruan tinggi yang berada di bawah naungan Yayasan Persyarikatan Muhammadiyah. Semuanya terangkum dalam istilah ISMUBA atau AIK (Al-Islam dan Kemuhammadiyahan). Sistem pendidikan ini memiliki ciri utama, yaitu diajarkan ilmu agama Islam dan bahasa Arab, dan dalam perkembangannya diajarkan pula mata pelajaran kemuhammadiyahan. Ketiga mata pelajaran ini, yaitu Al-Islam, Kemuhammadiyahan dan bahasa Arab lazim disebut Ismuba bagi sekolah dan madrasah Muhammadiyah merupakan ciri khusus dan keunggulan. Adapun penerapan kegiatan keagamaan (ISMUBA) di SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta dalam bentuk Intrakurikuler dan Ekstrakurikuler diantaranya; 1) Pembiasaan perilaku 5S (Senyum, Sapa, Salam, Sopan dan Santun), 2)Sekolah bertasbih tujuannya untuk terciptanya nuansa yang religius, 3) Pembinaan keputrian, 4) Pengajian kelas siswa dan pengajian guru karyawan, 5) MABIT (Malam Bina Iman dan Taqwa), 6) Kegiatan Manasik Haji, 7) Pesantren Ramadhan bagi siswa, guru dan karyawan, 8) Zakat fitrah, 8) Pelatihan Idhul Qurban, 9) Infaq Jum’at , 10) BTTQ (Baca Tulis Tahfidz Quran) bagi siswa dan tahsinul Quran, 11) Pembiasaan sholat sunnah (shalat dhuha, shalat jum’at) dan sholat wajib secara berjama’ah.

Kurikulum SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta disusun  dengan tidak meninggalkan ciri khas sekolah Muhammadiyah seperti yang tercantum dalam Surat Keputusan Pimpinan Pusat Muhammadiyah Nomor 65/SK-PP/III-A/1.b/1997 tentang  Qa’idah Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah ( Bab I pasal 3) yang berbunyi  bahwa Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah bertujuan membentuk manusia muslim yang beriman, bertaqwa, berakhlak mulia, cakap, percaya pada diri sendiri, disiplin, bertanggung jawab, cinta tanah air, memajukan dan mengkembangkan ilmu pengetahuan dan ketrampilan, dan beramal menuju terwujudnya masyarakat utama, adil dan makmur yang diridhoi Allah Subhanahu wata’ala. Hal ini tentunya akan mendukung tercapainya kondisi ideal.

Karakteristik SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta yang merupakan sekolah dengan ciri khas kemuhammadiyahan dan Al Islam (ISMUBA). ISMUBA yang merupakan akronim dari Al-Islam, Kemuhammadiyahan, dan Bahasa Arab adalah mata pelajaran ciri khusus yang ada pada sekolah-sekolah Muhammadiyah. Mulai dari Pendidikan Al-Quran, Pendidikan Aqidah Akhlaq, Pendidikan Tarikh, Pendidikan Fiqih, Bahasa Arab dan Kemuhammadiyahan menjadi mata pelajaran ciri khas yang ada pada sekolah-sekolah dari jenjang tingat dasar hingga menengah bahkan tingkat perguruan tinggi yang berada di bawah naungan Yayasan Persyarikatan Muhammadiyah. Semuanya terangkum dalam istilah ISMUBA atau AIK (Al-Islam dan Kemuhammadiyahan). Sistem pendidikan ini memiliki ciri utama, yaitu diajarkan ilmu agama Islam dan bahasa Arab, dan dalam perkembangannya diajarkan pula mata pelajaran kemuhammadiyahan. Ketiga mata pelajaran ini, yaitu Al-Islam, Kemuhammadiyahan dan bahasa Arab lazim disebut Ismuba bagi sekolah dan madrasah Muhammadiyah merupakan ciri khusus dan keunggulan. Adapun penerapan kegiatan keagamaan (ISMUBA) di SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta dalam bentuk Intrakurikuler dan Ekstrakurikuler diantaranya; 1) Pembiasaan perilaku 5S (Senyum, Sapa, Salam, Sopan dan Santun), 2)Sekolah bertasbih tujuannya untuk terciptanya nuansa yang religius, 3) Pembinaan keputrian, 4) Pengajian kelas siswa dan pengajian guru karyawan, 5) MABIT (Malam Bina Iman dan Taqwa), 6) Kegiatan Manasik Haji, 7) Pesantren Ramadhan bagi siswa, guru dan karyawan, 8) Zakat fitrah, 8) Pelatihan Idhul Qurban, 9) Infaq Jum’at , 10) BTTQ (Baca Tulis Tahfidz Quran) bagi siswa dan tahsinul Quran, 11) Pembiasaan sholat sunnah (shalat dhuha, shalat jum’at) dan sholat wajib secara berjama’ah.