1. Menjalankan perintah Allah Subhanahu wa Ta’ala dan menjauhi larangan-Nya.
2. Bertindak berdasarkan Al-Qur’an dan As-Sunnah.
3. Terwujudnya perilaku tertib bagi seluruh warga sekolah dalam setiap kegiatan.
4. Terwujudnya sikap bertanggung jawab atas kewajiban dan tugas yang diemban oleh seluruh warga sekolah.
5. Terwujudnya sikap sopan santun bagi seluruh warga sekolah.
6. Memiliki kemampuan berpikir logis.
7. Memiliki kemampuan menganalisis masalah dan menemukan solusi.
8. Memiliki keluwesan berpikir dalam mencari alternatif solusi terhadap permasalahan.
9. Memiliki kemampuan berliterasi media, teknologi, literasi dasar, perpustakaan, dan visual.
10. Mengenal dan menghargai budaya.
11. Memiliki kemampuan berefleksi terhadap pengalaman kebinekaan.
12. Terwujudnya budaya peduli lingkungan bagi seluruh warga sekolah.

Misi SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta sesuai dengan indikator visi di atas adalah:

• Meningkatkan keimanan dan ketaqwaan terhadap Allah SWT dalam perilaku kehidupan sehari-hari
• Mengamalkan tindakan sesuai Al-Qur’an dan As-Sunnah
• Membiasakan perilaku tertib dan jujur dalam setiap kegiatan
• Membiasakan sikap bertanggung jawab atas segala tugas dan kewajiban yang diemban
• Membiasakan santun dalam bertutur kata dan sopan dalam bertindak
• Membiasakan pembelajaran dengan keterampilan berpikir tingkat tinggi berbasis pembelajaran mendalam
• Membiasakan pembelajaran berbasis masalah (PBL)
• Melaksanakan pembelajaran yang berorientasi pada pemecahan masalah secara kreatif
• Membiasakan memahami informasi melalui membaca dan menulis
• Membiasakan menggunakan keterampilan numerasi
• Membiasakan memahami informasi sains
• Membiasakan memahami informasi melalui digital
• Membiasakan memahami informasi budaya dan kewarganegaraan
• Membiasakan pembelajaran yang mengapresiasi budaya nusantara
• Membiasakan pembelajaran yang menghargai beraneka ragam budaya
• Memiliki kepedulian terhadap pelestarian lingkungan hidup
• Meningkatkan budaya peduli lingkungan dalam kehidupan sehari-hari

SMP Muhammadiyah 9 Yogyakarta selama empat tahun ke depan memiliki tujuan:

• Mampu mengaplikasikan/menunjukkan karakter religius seluruh warga sekolah dalam kehidupan sehari-hari
• Mampu menjalankan ibadah dan muamalah sesuai Al-Qur’an dan As-Sunnah
• Mampu berperilaku tertib dalam segala aspek kehidupan
• Mampu bertanggung jawab dalam menjalankan tugas dan kewajiban
• Mampu menerapkan norma kesopanan dan kesantunan di dalam kehidupan sehari-hari
• Berpartisipasi dalam berbagai kompetisi di tingkat lokal, provinsi, dan nasional
• Menghasilkan prestasi akademik khususnya dalam bidang Bahasa Inggris di tingkat Kota Yogyakarta
• Menghasilkan prestasi non akademik dalam bidang seni di tingkat provinsi
• Menghasilkan prestasi dalam kompetisi antar pendidik di tingkat Kota Yogyakarta
• Mampu memanfaatkan sarana teknologi dan lingkungan dalam mengeksplorasi ilmu pengetahuan dengan berliterasi
• Mampu memecahkan masalah yang ditemui dalam kehidupan sehari-hari
• Mampu memberdayakan aset kualitas batiniah, sikap, dan perbuatan lahiriah untuk kelangsungan hidup
• Berwawasan luas dan mampu mengembangkan bakat minat yang dimiliki
• Memiliki kemampuan melestarikan budaya daerah atau lokal
• Memiliki kemampuan menyeleksi budaya asing untuk memenuhi kebutuhan hidup
• Menghargai keanekaragaman dan tidak diskriminatif bagi murid berkebutuhan khusus
• Memiliki sikap pengetahuan dan keterampilan peduli lingkungan hidup
• Memiliki sikap pengetahuan dan keterampilan peduli kependudukan
• Memiliki sikap pengetahuan dan keterampilan yang terkait dengan budaya ramah anak